לימודי רפלקסולוגיה בנויים מכמה חלקים שביחד יוצרים את השלם. ניתן לחלק את הדברים הנלמדים במהלך לימודי רפלקסולוגיה לשלושה חלקים. שלושת החלקים הללו מקבילים למעשה לשלושת השלבים של הטיפול עצמו: דיאגנוזה, תכנון וטיפול.
דיאגנוזה
השלב הראשון של כל טיפול ולא רק בתחום הרפלקסולוגיה הוא אבחון הבעיה. שלב זה נקרא בשפה הרפואית שלב הדיאגנוזה. בשלב הזה המטפל צריך לגלות מהי הבעיה שממנה סובל המטופל.
האבחון מורכב מהקשבה למטופל מצד אחד ומבדיקות שונות שנועדו לא רק לוודא שהמטופל מתאר במדויק את הסימפטומים שלו אלא גם כדי לגלות אם יש סימפטומים שבהם הוא לא הבחין. בסופו של דבר – וישנם מקרים שבהם המטפל לא מצליח בכך – למטפל יש אבחון מדויק עד כמה שאפשר של הבעיה שממנה או הבעיות שמהן סובל המטופל.
החלק המקביל בתוך לימודי רפלקסולוגיה הוא השלב העיוני של הלימודים. לימודי רפלקסולוגיה כוללים חטיבה משמעותית של לימודים עיוניים שונים שנועדו להעניק למטפל העתידי את הכלים שלהם הוא זקוק בעבודתו. החלק העיוני מעניק למטפל את המונחים, הכללים והשיטות השונות שיעמדו לרשותו: גוף ידע שלם שבאמצעותו הוא ידע כיצד לגשת לעבודתו. לימודי רפלקסולוגיה שונים שמים דגש על תחומי ידע שונים אך אין לימודי רפלקסולוגיה שאינם כוללים ידע עיוני מקדים שעליו מתבססת עבודתו של המטפל.
תכנון
השלב השני של הטיפול הוא קביעת הטיפול הדרוש לפתרון הבעיות שאובחנו בשלב הראשון. בשלב הזה המטפל מתווה את השיטה ואת האמצעים שמתאימים לפתרון הבעיה. הוא מתאים את הטיפול למטופל ולמצבו וגם קובע מהם סיכויי ההצלחה של תהליך הריפוי שבו הוא בוחר.
לימודי רפלקסולוגיה מציידים את התלמיד במעין ארגז כלים. במהלכם של לימודי רפלקסולוגיה התלמיד רוכש את הטכניקות השונות שבהם נעשה שימוש במהלך הטיפול הרפלקסולוגי. הוא לומד איזו שיטה מתאימה לאיזו בעיה ומתי יש לפנות לאמצעים כאלה ומתי לאמצעים אחרים. לצד ארגז הכלים הזה, לימודי רפלקסולוגיה גם מציידים אותו בכללי עבודה ובדרכים הנכונות והלא נכונות שבהם עשוי לפעול מטפל מוסמך. כך, לצד הידע העיוני התלמיד מקבל במהלך לימודי רפלקסולוגיה את הידע המעשי הדרוש לו כדי להיות מטפל.
טיפול
השלב האחרון, ולרוב גם הארוך והמשמעותי מכל השלבים, הוא שלב הריפוי או הטיפול עצמו. מובן מאליו שזוהי מטרת תהליך הטיפול: לא רק למצוא את הבעיה ואת הפתרון לבעיה אלא גם ליישם את הפתרון עד להצלחתו – המלאה ככל שאפשר. אפשר לומר שזהו השלב שבו המטפל מפשיל שרוולים ונכנס באמת אל תוך המים כדי לבצע את העבודה שלו.
לימודי רפלקסולוגיה כוללים לרוב גם מרכיב יישומי או עבודה מעשית. כדי שהתלמיד יוכל ליישם תחת השגחה את הטכניקות שאותם הוא למד, במקומות שבהם נערכים לימודי רפלקסולוגיה הוא מקבל גם את האפשרות להתחיל במתן טיפולים כדי להתנסות בטכניקות הללו. הטיפולים הללו נעשים כמובן תחת השגחה של מטפלים מיומנים והם נעשים בשלבים: מהקל אל הכבד. כיוון שמטרתם העיקרית של לימודי רפלקסולוגיה היא להכשיר מטפלים מעשיים הרי שאין לימודי רפלקסולוגיה שלמים ללא הפן היישומי של הלימודים. התלמיד שעבר מהשלב העיוני לשלב המעשי יכול לבסוף להתנסות בטיפול אמיתי שמשלים את תהליך ההכשרה שלו.